Находится в Москве в М. Ивановском пер., на Кулишках. По престолу мон-ря получила название и местность, где он находится, - Ивановская гора. Ивановским именовался и М. И. м., и мост через ров, окружавший Китай-город, по к-рому из Варварских ворот выезжали в Белый город.
М. И. м. впервые упоминается в летописях в 1415 г. при описании чуда, сопровождавшего рождение вел. кн. Василия II Васильевича Тёмного. Вел. кн. Василий I Димитриевич, когда его супруга София Витовтовна во время родов была близка к смерти, послал гонца с просьбой помолиться о ней к почитаемому старцу, жившему «в монастыри святаго Иоанна Предтечи». Старец призвал вел. князя молиться Пресв. Богородице и мч. Лонгину Сотнику и предрек, что роды благополучно разрешатся вечером того же дня. С тех пор в этой обители стали молиться о благополучных беременности и родах. Большинство летописей указывает место обители - «под Бором за рекою Москвою» (Моск. летописный свод кон. XV в. // ПСРЛ. Т. 25. С. 241; Никоновская летопись // Там же. Т. 11. C. 226); только в редакции XVI в. Московского великокняжеского летописного свода 1479 г. в известии о чуде 1415 г. мон-рь указан без уточнения - «за рекою Москвою». Поэтому большинство историков XIX-XXI вв. считало, что изначально Ивановский мон-рь был мужским и располагался в районе совр. Пятницкой ул. и Черниговского пер., на месте сохранившегося храма Усекновения главы Иоанна Предтечи.
Топоним «под Бором» использовался и по отношению к Ивановскому мон-рю на Кулишках, к-рый упоминается в источниках с кон. XVI в., со времени царствования Феодора Иоанновича. Ладанные книги сообщают о выдаче ладана «к празнику, к Ивану Предотечи под Бор, что у Володимера в Садех» 24 авг. 1585 г. (ДАИ. 1846. Т. 1. С. 210), «к Иванну Предотечи что под Бором на Кулишках» и «что под бором на Кулишках» в 1619 г. (см.: Там же). Тот же топоним присутствует и во вкладной надписи 1660/61 г. на серебряном кадиле (Снегирёв. 1883. С. 9-10). Этот топоним по рельефу местности более соответствует расположению обители на Кулишках, чем в районе Замоскворечья. О существовании соснового леса на Ивановской горе напоминает и название ц. Илии Пророка на совр. ул. Воронцово Поле - «под сосенками».
При выдаче ладана в недавно созданные мон-ри и храмы писец обычно отмечал это обстоятельство, но в записи о выдаче ладана в Ивановский мон-рь на Кулишках подобных уточнений нет, поэтому не вызывает сомнений, что обитель здесь ранее уже существовала. В нач. XV в. эта территория входила во владения вел. кн. Василия I Димитриевича, между 1407 и 1417 гг. здесь были построены великокняжеский двор и ц. во имя блгв. кн. Владимира в Ст. Садех (ДДГ. С. 58). Поэтому весьма вероятно, что великокняжеский ружной мон-рь в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи мог появиться на Кулишках задолго до возведения на территории мон-ря каменного храма в 10-х - 30-х гг. XVI в.
Одинаковые посвящения престолов и топоним в названии могли стать причиной контаминации в источниках 2 разных монастырей. В пользу этого предположения говорят отсутствие археологических подтверждений летописных сообщений о строительстве А. Фрязиным каменного храма в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи в 1514 г. «под Бором, за рекою Москвою», и существование в XVI в. на Кулишках каменного храма, судя по его архитектуре построенного одним из итал. мастеров, работавших в Москве при вел. кн. Василии III Иоанновиче. Это был бесстолпный одноглавый храм с 3 сильно выдвинутыми к востоку апсидами и 3 притворами с запада, юга и севера, придававшими его плану крестообразность, а стены, притворы и четверик завершали фронтоны (разобран в 1859, сохранились рисунок с юж. стороны собора, план А. А. Мартынова и описание И. М. Снегирёва; см.: Снегирёв. 1883). Поэтому нельзя исключать, что именно собор Ивановского мон-ря под Бором на Кулишках был построен Фрязиным. Этот собор упоминается в летописях в 1514 г.; строительство собора положило начало формированию новой типологии в рус. архитектуре 1-й пол. XVI в. Каменная церковь с таким же престолом в Замоскворечье появилась лишь в XVII в.
Во 2-й пол. XVI в. жен. мон-рь на Кулишках пользовался покровительством царя Иоанна IV Васильевича Грозного, тезоименитого небесному покровителю обители - св. Иоанну Предтече. Уцелевшие иконы из собора указывают на его обновление; на средства царя Иоанна IV Васильевича были написаны как минимум Деисус, иконы Праздничного и Пророческого чинов иконостаса и храмовый образ св. Иоанна Предтечи. Мон-рь не имел вотчин и поместий и содержался на государеву денежную и хлебную ругу.
При царе Михаиле Феодоровиче Романове в день Усекновения главы Иоанна Предтечи, 29 авг., к М. И. м. совершались праздничные царские выходы. Судя по выдачам денег на молебны и к царским выходам, обитель была в числе наиболее почитаемых царицей Евдокией Лукьяновной мон-рей и церквей Москвы. С М. И. м. были связаны и близкие к царице лица, напр. семья дворян Матюшкиных. В тот период ок. 100 стариц жили в мон-ре на средства из казны. В М. И. м. почиталась схимон. блж. Марфа († 1638), отличавшаяся аскетичным образом жизни. Она была похоронена в сев.-зап. углу собора, а через 2 года после ее смерти по царскому указу был выполнен покров на ее гробницу (ЦГИАМ. Ф. 1179. Оп. 1. Д. 263. Л. 7-7 об.).
За счет казны к 1642 г. с запада к монастырскому собору пристроили трапезную с приделом во имя свт. Николая Чудотворца (Книга расходная ладану 7151 (1642/1643) г. // РГАДА. Ф. 396. Оп. 2. Д. 421. Л. 124 об.). Тогда же, видимо, возвели и каменную колокольню, на к-рую повесили колокол, отлитый по повелению царя Михаила Феодоровича (Снегирёв. 1883. С. 10).
Праздничные выходы в М. И. м. совершались и при царе Алексее Михайловиче. После рождения в ночь с 26 на 27 авг. 1666 г. наследника, буд. царя Иоанна V Алексеевича, 29 авг. царь Алексей Михайлович в М. И. м. присутствовал на праздничной литургии и молебне и передал обители обновленный царскими мастерами храмовый образ св. Иоанна Предтечи, небесного покровителя своего сына (Дворцовые разряды. 1852. Стб. 642). Вероятно, выходы 29 авг. к празднику в монастырь впосл. стали регулярными.
Представители мн. княжеских и служилых московских семей делали вклады в М. И. м. и хоронили в его некрополе своих близких. Судя по выпискам, вкладчиками монастыря были князья Лобановы, Туренины, Мордкины, Хилковы, Волконские, Хованские, Елецкие, Кропоткины, Голицыны, Лыковы, Татевы, Мезецкие, Барятинские, Бельские, Мещерские, Львовы, Трубецкие, а также семьи служилого дворянства - Дмитриевы, Измайловы, Загряжские, Кокошкины, Голенищевы, Кудашевы, Поздеевы, Аргамаковы, Стрешневы, Зюзины, Ржевские, Вышеславцовы, Сафоновы, Змеевы, Еропкины, Бутурлины, Волынские, Глебовы, Хотяевы, Бегичевы, Хитрово, Лызловы, Нарышкины, Хрущёвы. Представительницы этих семейств иногда принимали постриг в обители. В 1648/49 г. настоятельницей М. И. м. была игум. Мария (Вышеславцова), родственники к-рой владели дворами, располагавшимися в непосредственной близости от обители. К известным родам принадлежали игумении Анна (Годунова) (30-е - нач. 50-х гг. XVII в.), Евфимия (Вельяминова) (1654-1656 ?), Евдокия (Философова) (в 1661/62).
К кон. XVII в. сложился монастырский ансамбль: М. И. м. окружала каменная ограда, а над каменными св. воротами на средства В. С. Нарбекова была возведена ц. в честь Происхождения Честных Древ Креста Господня. Близ св. ворот находились каменные 2-этажные игуменские покои, а в центре комплекса - собор, к-рый окружали некрополь и многочисленные деревянные кельи.
После издания в 1701 г. указа царя Петра I Алексеевича о замене в монастырях деревянных келий каменными в М. И. м. за счет казны были построены 29 каменных келий (РГИА. Ф. 796. Оп. 16. Д. 273. Л. 3-6). Согласно плану нач. XVIII в., сестринские корпуса располагались вдоль периметра монастырских стен, оставляя свободной территорию вокруг собора и кладбища. В это время помимо игум. Марфы (Григорьевой) и казначеи Дорофеи (Телешовой) в обители проживали 99 штатных (удельных) монахинь, которые получали жалованье (ругу) из казны. В 1700 г. вместо руги обители была дана вотчина в с. Путятине близ г. Переславля-Залесского, благодаря к-рой М. И. м. получал в год 150 р. и «хлеба по сту по пятьдесят чети ржи да круп грешневых по двадцати чети».
В 1-й трети XVIII в. постепенно стал меняться социальный состав монашествующих. Большинство инокинь происходили из семей мелких служащих, городского посада, духовенства, нижних военных чинов и из крестьян, а игумений из дворянских семейств сменили представительницы духовного и купеческого сословий. В 1733 г. игуменией была избрана мон. Елена (Протопопова), дочь московского священника. В период ее управления в Москве была раскрыта деятельность секты хлыстов, много родственниц и сторонниц членов этой секты оказались среди насельниц М. И. м., в т. ч. и признаваемая московскими хлыстами в качестве «богородицы» Анастасия (Карпова). В монастыре были похоронены в 1-й трети XVIII в. один из основателей секты И. Т. Суслов и лидер секты П. Д. Лупкин.
Перенос столицы в С.-Петербург и секуляризация гос. жизни отдалили М. И. м. от царского двора, изменили круг вкладчиков и ограничили средства обители ругой, получаемой из Коллегии экономии. В 1732 г. из собора были украдены драгоценные оклады с храмового образа св. Иоанна Предтечи и с местночтимой Смоленской иконы Божией Матери (Скворцов. 1911. С. 30). К 1734 г. монастырские здания пришли в упадок, кровли храмов протекали, каменная ограда местами обвалилась, неск. келий стали непригодными для жизни. Во время московских пожаров 1737 и 1748 гг. мон-рь горел, но стараниями игум. Елены его удалось восстановить.
4 июля 1760 г. имп. Елизавета Петровна издала указ, предписывавший освободить М. И. м. и разместить в нем дом призрения «заслуженных людей жен во вдовстве, а дочерей в сиротстве и бедности» (ПСЗ. Т. 15. № 11278; ПСПиР. Т. 4. С. 484-485). Но, вероятно, необходимость компенсировать насельницам стоимость келий, а также последовавшая вскоре кончина императрицы остановили исполнение этого решения. В 1764 г. М. И. м. был отнесен ко 2-му классу.
С кон. XVI в. или с нач. XVII в. в мон-рь ссылали неугодных двору, а также нарушивших нравственные и гос. законы лиц. Так, возможно, в М. И. м. содержалась постриженная в монашество за бездетность 2-я жена царевича Иоанна Иоанновича, сына царя Иоанна IV Грозного, Ф. М. Петрово-Соловово (в постриге Параскева; † 1619/20) (ПСРЛ. Т. 14. Ч. 2. С. 150); по др. источникам, она была пострижена в московском в честь Вознесения Господня женском монастыре либо в Горицком в честь Воскресения Господня монастыре. С 1768 г. в монастырском подвале в очень суровых условиях содержалась помещица Д. Н. Салтыкова (Салтычиха), осужденная за массовые истязания и убийства своих крестьян (Кичеев. 1865. С. 651). С 1785 г., при игум. Елисавете, по указу имп. Екатерины II Алексеевны в М. И. м. проживала мон. Досифея († 1810). Считается, что она была дочерью имп. Елизаветы Петровны от тайного брака с гр. А. Г. Разумовским. В мон-ре старица Досифея жила почти в полном затворе, лишь иногда принимая посетителей. Так, именно к ней обратились за советом юные братья Путиловы (впосл. прп. Моисей (Путилов) и игум. Исаия II (Путилов)). Она посоветовала братьям обращаться к бывш. наместнику Новоспасского московского в честь Преображения Господня монастыря иером. Александру Арзамасскому (Подгорченкову) и к иером. Филарету (Пуляшкину), к-рые ранее общались с прп. Паисием (Величковским).
С течением времени число монахинь стало значительно сокращаться. В 1811 г. в М. И. м. вместе с игум. Елпидифорой проживали 17 пострижениц и 33 белицы. В 1812 г., перед вторжением в Москву франц. войск, часть ризницы сестры успели отправить в Вологду, а при приближении опасности игумения с насельницами ушла в Хотьковский в честь Покрова Пресвятой Богородицы женский монастырь. Во время пожара 1812 г. М. И. м., за исключением собора, сильно пострадал. 4 июля 1813 г. в отремонтированных за свой счет кельях проживали 12 монахинь во главе с игум. Елпидифорой и казначеей Елисаветой. В том же году М. И. м., как малонаселенный, был упразднен, а насельницы переведены в Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы, Новодевичий московский в честь Смоленской иконы Божией Матери, московские в честь Рождества Пресвятой Богородицы, в честь Вознесения Господня и Страстной иконы Божией Матери монастыри. Собор обители был обращен в приходский храм, к нему приписали упраздненные церкви, расположенные поблизости,- блгв. кн. Владимира в Ст. Садех, Св. Троицы в Хохлах, свт. Николая Чудотворца в Подкопаях и Трех святителей на Кулишках. Вместо полагавшихся мон-рю по штату 2 священников, диакона и 2 причетников было приказано оставить священника, диакона и причетников «из находящихся ныне» (ЦГИАМ. Ф. 203. Оп. 746. Ед. хр. 554. Л. 14-15). В 1814 г. храму полагался уже только пономарь. Клирики не получали оклад, содержались за счет прихода и на проценты от сумм, внесенных в Сохранную казну вкладчиками для поминовения себя и своих близких.
Опустевшие здания М. И. м. были отданы для расселения оставшихся после пожара 1812 г. без крова священнослужителей ружных церквей, престарелых соборных клириков и вдов с сиротами. В игуменских покоях поселили служащих Синодальной типографии, к 1824 г. для них в юго-зап. части монастырского комплекса возвели 2-этажный жилой корпус.
После 1816 г. была упразднена надвратная церковь, а в трапезной при соборе на средства Е. П. Толмачёвой вместо Никольского придела был устроен придел в честь Казанской иконы Божией Матери.
М. И. м. был восстановлен как общежительный по благословению митр. Московского и Коломенского свт. Филарета (Дроздова) по инициативе купчихи Е. А. Макаровой-Зубачёвой, происходившей из богатой купеческой семьи Мазуриных и завещавшей на это все свое имущество, а также благодаря усилиям жены ее покойного брата Николая М. А. Мазуриной. Согласно планам, в восстановленной обители вводился общежительный устав, в ней должны были проживать 25 монахинь и 25 послушниц, а причт - включать 2 священников, диакона и 2 причетников. Для реализации этого проекта были разобраны древний собор в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи, колокольня, трапезная, св. ворота с надвратной церковью и игуменские кельи. Оставили лишь часовню, находившуюся перед св. воротами, и новый корпус, в к-ром жили служащие Синодальной типографии. Богатая монастырская ризница была передана в храм во имя святых Кира и Иоанна на ул. Солянке (не сохр.), иконостасы разобраны и без икон направлены в др. храмы, 4-ярусный иконостас собора по благословению митр. Филарета в мае 1861 г. был передан в собор Вифанского в честь Преображения Господня мужского монастыря. Также было упразднено кладбище, а обнаруженные останки, к-рых набралось 8 ящиков, перезахоронили в общих могилах на Ваганьковском кладбище.
В 1859 г. архит. М. Д. Быковский представил проект нового архитектурного ансамбля мон-ря, к-рый отвечал бы принципу общежительства. 3 сент. 1860 г. состоялась торжественная закладка прямоугольного собора, который располагался в центре ансамбля в окружении келий, монастырского жен. духовного уч-ща, больничного корпуса с ц. во имя прп. Елисаветы Чудотворицы и ограды. Главные ворота были перенесены на сев. сторону, напротив входа в собор. Дом притча имел отдельный выход в город.
Во время строительства собора были обретены мощи схим. Марфы и положены в часовне, а в 1875 г. перенесены в новый собор. В память о ней и возобновителе мон-ря митр. Филарете (Дроздове) на стенах появились фрески с образами их св. покровителей. В 1877 г. в М. И. м. поселилась М. А. Мазурина, к-рой митр. Московский и Коломенский свт. Иннокентий (Вениаминов) предлагал принять монашество и стать игуменией, но она сочла себя недостойной. В тот же год, когда почти все было готово к открытию обители, началась русско-тур. война (1877-1878), и власти попросили Мазурину предоставить отстроенные здания госпиталю для раненых офицеров. Поэтому после закрытия госпиталя открытие М. И. м. не состоялось: его здания требовали ремонта. В 1878 г. Мазурина скончалась, поэтому председателем комиссии по строительству монастыря был назначен архим. Угрешского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря архим. Пимен (Мясников), а его игуменией в 1879 г. стала настоятельница Аносина Борисоглебского женского монастыря Рафаила (Ровинская). Вместе с ней в обитель было переведено неск. сестер. 19 окт. 1879 г. состоялось торжественное освящение нового собора при участии митр. Московского и Коломенского Макария (Булгакова) и представителей городских властей. В 1880 г. в М. И. м. проживали 14 монахинь, в т. ч. 8 сестер из Аносиной обители. Мон-рь хоть и был городским, но подчинялся угрешскому архим. Пимену. В М. И. м. был введен строгий общежительный устав, прием сестер находился в ведении настоятельницы. Вклада для поступления не требовалось, но принимались добровольные пожертвования, к-рые, впрочем, не давали поступившим никаких преимуществ. Сестры получали кельи с отоплением и освещением, трапезу, одежду и обувь. Прием родных и знакомых разрешался только по воскресным дням и только в помещении общей трапезной. Выход за пределы М. И. м. зависел от разрешения настоятельницы. Сестры несли церковные послушания, работали в бело- и золотошвейной и иконописной мастерских. В М. И. м. действовала больница для монашествующих и послушниц московских мон-рей. В 1891 г. М. И. м. получил 107 дес. земли близ сел Старбеево Московского у. (ныне в черте г. Химки Московской обл.) и Гнилуши (ныне в черте г. Долгопрудного Московской обл.), где был основан хутор Чернецово, создано подсобное хозяйство и устроено кладбище для монахинь, на средства благотворителей построена деревянная ц. во имя прп. Сергия Радонежского (освящена 16 июля 1893), в 1895 г. открыта одноклассная церковноприходская школа для крестьянских девочек.
Постриженицы М. И. м. стали игумениями мн. мон-рей Московской епархии: 1-я игум. мон. Рафаила впосл. стала настоятельницей кремлевского Вознесенского монастыря, ее преемница мон. Сергия (Смирнова) - настоятельницей московского во имя преподобного Алексия, человека Божия, монастыря, благочинная мон. София (Быкова) - настоятельницей Зосимовой Троице-Одигитриевой пуст., ризничая Анастасия (Астапова) - настоятельницей Князь-Владимирского жен. мон-ря Подольского у. Московской губ. Постриженицей М. И. м. была мон. Леонида (Озерова), служившая настоятельницей сначала серпуховского Владычного в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, а затем московского Новодевичьего монастырей. В 1907 г. игуменией М. И. м. была впервые избрана его постриженица мон. Епифания (Митюшина; † 12 янв. 1931). На должность начальницы Покровского Свято-Троицкого мон-ря Оренбургской губ. была определена насельница М. И. м. мон. Ариадна (Степанова). Вместе с ней в Покровский мон-рь была переведена Раиса Монастырёва (впосл. игум. Иннокентия).
В кон. XIX - нач. XX в. М. И. м. был единственной общежительной жен. обителью в Москве и центром почитания св. Иоанна Предтечи. Здесь сложилась традиция надевать на голову прихожан металлический обруч в память Усекновения главы св. Иоанна Предтечи. Вероятно, этот обруч является мерой главы святого. В 1917 г. в М. И. м. проживали 44 монахини, 33 рясофорные послушницы и ок. 200 послушниц.
Летом 1918 г. М. И. м. оказался в центре военных действий, штаб восставших левых эсеров находился поблизости, а на паперти соседней ц. блгв. кн. Владимира в Ст. Садех были установлены орудия. Монахини были вынуждены шить обмундирование для красноармейцев.
В 1918 г. М. И. м. одним из первых в Москве был закрыт; его банковские счета, а также сдаваемые в аренду помещения национализированы, больница закрыта. 10 апр. 1919 г. Президиум Московского совета рабочих и крестьянских депутатов издал постановление о выселении монахинь в 3-дневный срок, но его исполнение было отложено. Тогда состоялся осмотр обители и ее ценностей, на учет Комиссией по охране памятников были взяты 8 икон XVII в. и др. иконы, кадило XVII в., богослужебные облачения и утварь. 23 апр. того же года был заключен договор с общиной верующих, состоявшей из сестер и прихожан обители (ок. 560 чел.), о передаче им «в бессрочное пользование» соборного храма и больничной Елисаветинской ц. (ГАРФ. Ф. 8409. Оп. 18. Д. 334. Л. 14). Сестрам для проживания были оставлены кельи, которые стали именоваться комнатами для общежития. Несмотря на это, в июле вышло постановление Президиума Московского совета рабочих и крестьянских депутатов о закрытии М. И. м. и передаче его зданий «в распоряжение отдела принудительных работ НКВД» (Там же. Д. 136. Л. 88). В авг. 1919 г. на территории обители расположился Ивановский концентрационный лагерь, один из 12 городских концлагерей, позже преобразованный в лагерь особого назначения (с 1923 он именовался лагерем принудительных работ, а с 1927 г.- «экспериментально-пенитенциарным отделением государственного института по изучению преступности и преступника»; в 1930 г. Ивановский лагерь вошел в состав 1-го отд-ния 7-й фабрично-трудовой колонии Москвы. В 1922 г. 151 предмет церковной утвари был изъят и передан Отделу Наркомпроса по делам музеев и охране памятников искусства и старины (ЦГАМО. Ф. 66. Оп. 18. Д. 334. Л. 49-50, 81). Монастырский собор был закрыт в 1926 г. Часть общины перешла в храм Св. Троицы в Серебряниках, затем - в храм св. апостолов Петра и Павла на Яузе, при этом они смогли сохранить храмовый образ св. Иоанна Предтечи и чудотворный обруч. Мн. монахини разошлись по др. московским храмам, а игум. Епифания с несколькими сестрами поселилась на подмосковном хуторе, но в 1929 г. хозяйство было национализировано. Общину обложили налогом, для выплаты к-рого в 3-дневный срок пришлось распродать имущество. В этот период на хуторе проживали 43 монахини, к-рые шили одеяла, занимались рукоделием, нанимались на поденные работы. В ночь на 21 мая 1931 г. все насельницы хутора (31 чел.) были арестованы по обвинению в антисоветской агитации и выступлениях против коллективизации и заключены в Бутырскую тюрьму. Ни одна из них не отказалась от своих религ. убеждений. 28 июня постановлением Тройки ОГПУ по Московской обл. 28 сестер были приговорены к 5 годам ссылки в Казахстан, а 3 - к 3 годам ИТЛ в Сиблаге. Всего в 30-х гг. XX в. было репрессировано 64 сестры. В советское время храм прп. Сергия частично был разрушен (передан РПЦ в 1993). После возвращения из лагеря и ссылки неск. инокинь поселились в с. Виноградове (ныне частично в черте Москвы) и близ него, где во Владимирском храме служил схиархим. Иларион (Удодов), бывш. насельник Русского великомученика Пантелеимона монастыря на Афоне, а затем московского в честь Сретения Владимирской иконы Божией Матери монастыря. С 20-х гг. XX в. он окормлял ивановских монахинь. Нек-рые сестры похоронены на Старом Марковском кладбище.
За годы советской власти монастырский ансамбль не претерпел значительных изменений: был застроен с сев. стороны дворик-атриум и надстроен 2 этажами 3-этажный келейный корпус, св. ворота замуровали. В соборе, разделенном в 1927 г. межэтажными перекрытиями, находилось хранилище Центрального гос. архива Московской обл. (ЦГАМО). К нач. ХХI в. основные келейные корпуса занимали учреждения МВД.
В кон. 1991 г. в бывш. монастырской часовне поселились Екатерина Ростковская (в иночестве Елисавета, в схиме София), к-рая считается 1-й насельницей возрожденного мон-ря. В 1992 г. по благословению патриарха Московского и всея Руси Алексия II М. И. м. был приписан к храму равноап. вел. кн. Владимира в Ст. Садех, настоятель к-рого прот. Сергий Романов в 1987-1990 гг. служил во Владимирском храме с. Виноградова. В том же году в бывш. зданиях причта М. И. м. была открыта Свято-Владимирская правосл. гимназия. К 1995 г. сложилась небольшая сестринская община (10 чел.), службы совершали в возвращенном бывш. больничном Елисаветинском храме (освящен 28 апр. 1995). 5 мая 1999 г. при М. И. м. было учреждено Патриаршее подворье. 11 авг. 2000 г. решением Синода М. И. м. был открыт. В 2001 г. в Соборе Московских святых была прославлена блж. Марфа. Летом 2001 г. ко дню праздника Рождества св. Иоанна Предтечи монастырский собор был передан обители. Патриаршим указом от 26 дек. 2001 г. настоятельницей М. И. м. была назначена благочинная Пюхтицкого в честь Успения Пресвятой Богородицы женского монастыря мон. Афанасия (Грошева), 11 сент. 2007 г. возведенная в сан игумении. 18 янв. 2002 г. обители были возвращены ее главные святыни - древняя икона св. Иоанна Предтечи и чудотворный обруч, а также икона прп. Елисаветы Чудотворицы. 19 янв. того же года в соборе была отслужена 1-я всенощная служба. 27 марта обитель впервые посетил патриарх Московский Алексий II и передал насельницам Черниговско-Гефсиманскую икону Божией Матери. 11 сент. 2002 г. в М. И. м. состоялась 1-я архиерейская служба, которую возглавил архиеп. Истринский Арсений (Епифанов), и отслужен молебен на ступенях монастырского собора. В 2003 г., в канун 4-й недели Великого поста, в М. И. м. состоялись первые постриги: в иночество были пострижены 4 сестры, стоявшие у истоков возрождения обители. 24 дек. 2004 г. Синод включил в Собор новомучеников и исповедников Российских прот. Алексия Петровича Скворцова (1875-1938), служившего в приходском храме бывшего мон-ря. 6 окт. 2006 г. канонизирован др. пастырь, служивший в М. И. м.,- прот. сщмч. Владимир Алексеевич Смирнов (1877-1937). Они были расстреляны на Бутовском полигоне. 11 сент. 2008 г. в подклете собора открылся монастырский музей истории обители. При восстановительных работах были обнаружены склеп благотворителей купцов Винокуровых и захоронение игум. Филареты (Ивановой; † 9 авг. 1907) с надгробным памятником.
С 2012 г. при М. И. м. действуют курсы дополнительного образования для насельниц жен. мон-рей, включенные в образовательную систему РПЦ, на которых преподаются Свящ. Писание ВЗ и НЗ, история Церкви, литургика, история церковного искусства, патрология, агиография и др. В подмосковном с. Остров в бывш. дворянской усадьбе устроены богадельня с домовым храмом в честь Покрова Пресв. Богородицы и хозяйственное подворье.
14 дек. 2014 г. после длительной реставрации состоялось великое освящение собора в честь Усекновения главы св. Иоанна Предтечи и его бокового придела в честь Рождества свт. Николая Чудотворца, к-рое совершил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. 11 сент. 2015 г. торжества, посвященные 600-летию 1-го упоминания обители и 15-летию ее возрождения, возглавил Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.